Die Geschichte beginnt mit dem beliebten Online-Spiel Yggdrasil, das eines Tages im Jahr 2138 abgeschaltet werden soll. Momonga, der Protagonist, will jedoch noch die verbliebene Zeit im Spiel Yggdrasil genießen und schläft dabei ein. Daraufhin wird Momonga in seinen mächtigen Spielcharakter, den Skelett-Magier verwandelt. Die Welt von Yggdrasil verändert sich daraufhin, sodass NPC's plötzlich Emotionen und ein eigenes Bewusstsein bekommen. Ohne Eltern, Freunde oder einen Platz in der Gesellschaft versucht Momonga nun, die neue Welt zu erobern, die aus dem Spiel Yggdrasil entstanden ist.